《自然一方法學》網絡版近日介紹了瑞典蘇黎世大學生命科學研究所邁克爾.恩加特納(Michael O Hengartner)研究組發(fā)明的一種大尺度鑒定miRNA靶點新方法。
在過去幾年中,隨著實驗和計算方法的發(fā)展和完善,miRNA靶點的鑒定和預測研究取得很大進展。然而,全面正確的鑒定miRNA的生物學相關靶點依然是個難點。恩加特納研究組發(fā)明了一種叫做“選擇性反應監(jiān)測”(seleted reaction montitoring,SRM)的方法,該方法利用有針對性的質譜技術實現(xiàn)了對miRNA靶點互作的大尺度蛋白組學分析,進而對預測的靶點進行驗證。
恩加特納等人利用線蟲let-7突變體及其野生型為實驗材料。為了測定于let-7突變數量減少致的蛋白含量的下降,恩加特納等人對感興趣的let-7突變體和野生型的蛋白提取物進行化學標記,之后一套對照基因。結果發(fā)現(xiàn),161個蛋白中的29個蛋白的表達含量在突變體中發(fā)生變化,這可能是由于let-7基因和不同的靶點互作結果--該結果得到了獨立下游試驗包括遺傳互作、多聚核糖分析和熒光霉素檢驗的驗證。
SRM技術可以作為一個驗證工具來進一步探索對于靶點的理解;此外,SRM也可能用來精細描述目標蛋白質組亞群,促進miRNA生物功能模型的研究。